Мечеть Бибихейбат была построена Ширваншахом II Фаррухзадом. В книге на портале мечети сказано, что она была построена архитектором Махмудом ибн Саидом по приказу Фаррухзада ибн II Ахситана ибн III Фарцбурца в 1281-1282 годах.

В девятнадцатом веке исследователь Б. Дорн извлек из Сефевидов копию десяти указов шаха Сафасиба, шаха Аббаса I и шаха Хусейна в различные даты. Даже знаменитый французский писатель Александр Дюма, посетивший Баку в 1858 году, также был впечатлен святилищем и сделал о нем заметки.

Говорят, что известный азербайджанский поэт Хуршидбану Натаван, долгое время живший с тоской, мечтает о посещении могилы Доктора и следует своему обещанию посетить золотые монеты того времени.

Бибихейбатская святыня подверглась репрессиям в первые годы существования Советского Союза и была полностью разрушена в 1934 году. Великий лидер Гейдар Алиев 23 июля 1997 года, в день рождения пророка Мухаммада, заложил фундамент нового комплекса мечетей. Год спустя, 12 июля 1998 года, он снова присутствовал на открытии мечети в день рождения Пророка.

По инициативе Президента Ильхама Алиева, а также с заботой и вниманием была расширена и реконструирована мечеть Бибихейбат и паломнический комплекс. Спустя десять лет после открытия главного здания храма - 12 июля 2008 года, когда были завершены капитальные ремонтные работы, мечеть была торжественно открыта в целом.

Как и в других великих мусульманских святынях, эта мечеть впервые была отдана паломникам. Можно молиться одновременно около трех тысяч человек. На первом и втором этажах центральный холл, потолок фойе и стены подвала представлены нежными архитектурными орнаментами. Купол мечети также прекрасно спроектирован. Суры ан-Нисы, аль-Каусара и аль-Иласа из Священного Корана используют чернила и красочные стеклянные материалы.