Мечеть была построена в 1890-х годах филантропом Хаджи Хаджи Хаджибабой. После большевистской революции мечеть некоторое время оставалась закрытой. Однако позднее, после восстановления независимости Азербайджана, он был вновь открыт и отремонтирован.

В 2017 году при поддержке Фонда Гейдара Алиева в одной из старейших мечетей Азербайджана - Имаме Гусейне - был произведен капитальный ремонт и реставрация. Архитектурный стиль здания был сохранен, и территория была отреставрирована. Площадь мечети составляет 300 квадратных метров. Одновременно он может обслуживать до 400 человек. На территории мечети Имамама Хусейна был также построен зал торжественных мероприятий в 130 членов.