Məscid 1890-cı ildə xeyriyyəçi Hacı Hacıbaba tərəfindən inşa olunmuşdur. Bolşevik çevrilişindən sonra bir müddət bağlı qalan ibadət yerində 2017-ci ildə Heydər Əliyev Fondunun dəstəyi ilə əsaslı təmir və bərpa işlərinə başlanılmışdır. Yüksək keyfiyyətlə aparılan təmir zamanı binanın memarlıq üslubu qorunub saxlanılmış, ərazisi abadlaşdırılmışdır. 2018-ci il oktyabrın 23-də Azərbaycan Respublikasının Birinci vitse-prezidenti, Heydər Əliyev Fondunun prezidenti Mehriban Əliyeva məscidin açılışında iştirak etmişdir.

Azərbaycanın qədim ibadət yerlərindən biri olan "İmam Hüseyn" məscidinin sahəsi 300 kvadratmetrdir. Burada eyni vaxtda 400 nəfər ibadət edə bilər. Məscidin ərazisində 130 nəfərlik mərasim zalı da inşa olunmuşdur.